Im Dreißigjährigen Krieg zu Pfingsten des Jahres 1626 kam es bei der Erstürmung der Stadt durch General Tilly und seine Truppen zur Explosion eines Pulverturms in unmittelbarer Nachbarschaft der Aegidienkirche. Die Wucht der Detonation und das ausbrechende Feuer zerstörten einen Großteil der etwa im 13. Jahrhundert erbauten Kirche, nur Sakristei und Apsis blieben erhalten.
Erst Jahrzehnte nach der Zerstörung im Jahre 1684 wurde erneut ein Kirchenschiff errichtet, in dessen Westgiebel eine Inschrift zu finden ist, die von diesem Unglück erzählt. Im Jahr 1729 bekam der Turm seinen bis heute erhaltenen Fachwerkaufbau.
Einer der touristischen Hauptanziehungspunkte ist die an der Nordseite der Kirche aufgestellte Grabplatte des berühmten Wanderarztes Johann Andreas Eisenbart, der 1727 in einem Gasthaus in Hannoversch Münden verstarb und in der Aegidienkirche seine letzte Ruhestätte fand.
Im Jahr 2006 wurde die Kirche entwidmet und für einen symbolischen Euro verkauft. Im Frühjahr 2010 baute der neue Eigentümer Bernd Demandt die Kirche zu einem Café um, der Kirchenraum blieb unverändert, wurde lediglich farblich neu gestaltet. Von Mai 2010 bis Dezember 2018 setzte das Café Aegidius neue gastronomische, touristische und kulturelle Akzente in der historischen Altstadt. Ab 2019 hat ein neugegründeter Trägerkreis die Kirche übernommen. Ziel ist es, St. Aegidius wieder in ihrem eigentlichen Sinne zu nutzen, aber auch neu, anders, einladend, kommunikativ.
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